Una dintre cele mai deosebite regiuni ale Ungariei este Balatonul Mic, care se găsește în partea de sud-vest a lacului. Până în secolul al XVIII-lea nu s-a făcut nicio distincție între cele două.
Terenul aflat în zona deltei a râului Zala a fost întotdeauna o mlaștină cu nivelurile sale de apă în schimbare. Golful a jucat un rol important pentru ca râul să-și plaseze deriva.
Micul-Balaton este protejat la nivel național din 1951. Regiunea este înregistrată ca un habitat important în apropiere de apă la nivel internațional din 1979 (Convenția Ramsar) și este o parte importantă a Rețelei de protecție a naturii a Comunității Europene și „Natura” din 2004 și respectiv 2000.
Schimbările din regiune în secolul al XIX-lea au determinat scăderea nivelului apei pe această parte a lacului. Construirea căii ferate pe partea de sud a lacului Balaton este unul dintre factorii majori, care au influențat schimbarea. Inițiativele agricole din secolul al XX-lea au determinat scăderea nivelului apei și, prin urmare, a ecosistemului mai jos, din cauza drenării mlaștinilor și a construirii de canali artificiali.
Întinerirea Micului Balaton a fost un proiect în curs de desfășurare din 1980. Lacul nou construit de 28 de milioane de metri cubi pe 1870 de hectare funcționează acum ca filtru. Râul Zala face o călătorie lungă de 22 de kilometri în lacul artificial și este redirecționat doar la albia inițială după acesta.